Die Drachenhöhle ist eine Karbonatkarsthöhle, angelegt in einer Wechselfolge jungoberdevonischer Knoten- und Flaserkalke sowie pelitischer Schiefer. Das Syrauer Oberdevon wurde entlang der Nordwestflanke des Kauschwitz-Jößnitzer Sattels (mittel- bis oberdevonische Initialvulkanite) aufgefaltet und ragt als Sporn in den südöstlichen Randausstrich der Mehltheuerschen Kulmmulde.
Die Entstehung der uns heute bekannten Höhle kann in das jüngere Pleistozän und Holozän gestellt werden. Eingerahmt von drei Vorflutbächen (Syrabach, Kaltenbach und ein historischer, heute nicht mehr vorhandener Bach), die sich heute bis über 30 m tief in die Syrauer Hochfläche eingeschnitten haben, kam es zur Verkarstung der angeschnittenen Kalklinse. Trotz ihrer Größe, von nur 300 m im Durchmesser, entstand ein intensives unterirdisches Entwässerungssystem auf den vorgezeichneten Hauptkluftrichtungen. Da die Höhle – der phreatische, karstwassergefüllte Bereich – von den Vorflutern nicht direkt angeschnitten wird, sondern vollständig von nichtverkarstungsfähigen Gesteinen eingeschlossen ist, kommt es episodisch, im Kontakt entsprechend jahreszeitlich oder klimatisch bedingter, niederschlagsreicher Ereignisse, zum „Vollaufen“ der Höhle, zumindest aber zu einer episodischen Karstwasserspiegelschwankung in der seichtphreatischen Zone. Dies führte und führt zur Herausbildung einer typischen Stillwassermorphologie (Laugdecken, Laugfacetten, sekundäre Lehmformen), welche den fluviatil-errosiven und fluviatil-korrosiven Formenschatz weitestgehend überprägt. Inkasion und eine junge Sekundärmineralisation (Kalksinter) geben der Drachenhöhle ihr heutiges Aussehen.
Nähere Informationen zur seismologischen Situation im Gebiet Westboehmen – Vogtland gibt es unter https://www.geologie.sachsen.de/schwarmbeben-im-vogtland-27867.html